SD Joannes Bosco Yogyakarta memiliki Visi dan Misi dalam menyelenggaraan kegiatan Pendidikan. Visi dan Misi inilah yang menjadikan SD Joannes Bosco menjadi sekolah terdepan, berkualitas dan mampu menghantarkan para peserta didik menjadi seorang pribadi yang Disipilin, Cerdas serta Cinta Kebenaran
VISI
Penyelenggara Pendidikan yang mewujudkan pribadi pembelajar dan cinta Kebenaran
MISI
- Menghayati spiritualitas pewarta dengan menghargai keberagaman dalam pembaharuan pelayanan dengan memanfaatkan teknologi informasi.
- Membudayakan keunggulan akademik dan karakter pembelajar Dominikan Indonesia demi keselamatan jiwa-jiwa.
- Menjawab kebutuhan zaman dan lingkungan alam melalui proses kontemplasi untuk menumbuhkan Cinta Kebenaran.
- Membangun jejaring, dialog dan kerjasama dengan seluruh anggota kongregasi, alumni dan berbagai lembaga.