SD Joannes Bosco adalah Sekolah yang Mengutamakan Pendidikan Karakter. Pendidikan karakter adalah suatu usaha manusia secara sadar dan terencana untuk mendidik dan memberdayakan potensi peserta didik guna membangun karakter pribadinya sehingga dapat menjadi individu yang bermanfaat bagi diri sendiri dan lingkungannya. Kepribadian yang baik karena terbiasa dan tertanam sejak dini. Kepribadian yang sudah ada yang berasal dari orang tua atau keluarga menjadi awal yang baik untuk diteruskan dan dibentuk disekolahan SD Joannes Bosco Yogyakarta terutama. maka SD Joannes Bosco Yogyakarta sungguh memperhatikan perkembangan kepribadian peserta didik dengan seksama juga melalui Bimbingan Konseling.
