Bimbingan di SD Joannes Bosco Yogyakarta diberikan kepada peserta didik untuk memahami dirinya sendiri, memahami lingkungan sebagai dasar untuk merencanakan masa depannya. Jenis bimbingan yang diberikan meliputi bimbingan pribadi, bimbingan social, bimbingan belajar, dan bimbingan karier. Beberapa hal yang terkait dengan Pelaksanaan Layanan Bimbingan dan Konseling :
Pelaksanaan layanan BK lebih ditekankan pada layanan bidang bimbingan karier, belajar, dan social.
Bimbangan karier : bekerja sama dengan dinas tenaga kerja untuk sosialisasi bursa kerja
Bimbingan belajar : memasukkan BK dalam KMB 1 jp/minggu.
Bimbingan social : mendampingi dan membantu siswa dalam menghadapi masalah
Pelaksanaan layanan BK lebih ditekankan bersifat preventif (mencegah lebih baik dari pada mengobati).
Program layanan BK disusun berdasarkan tugas perkembangan, kebutuhan, dan masalah yang dihadapi peserta didik.
Pelaksanaan layanan BK oleh wali kelas yang dibimbing dan disupervisi oleh BK SMK.
Untuk mengetahui keberhasilan layanan dilakukan evaluasi dalam bentuk resume.
Evaluasi ini ditujukan kepada seluruh peserta didik. Hasil evaluasi ini diorientasikan pada: Perkembangan aspek-aspek kepribadian peserta didik seperti sikap, motivasi, kebiasaaan, keterampilan dan keberhasilan belajar, konsep diri, kemampuan berkomunikasi, kreativitas, serta apresiasi terhadap nilai dan moral.
Hasil penilaian kegiatan pelayanan bimbingan dan konseling berupa deskripsi tentang hasil bimbingan yang diberikan.
Peran guru BK adalah sebagai healing atau pemulihan kondisi peserta didik yang sedang mempunyai masalah atau kasus sehingga peserta didik kembali dalam kondisi OK.
Ada beberapa peserta didik yang sedang mempunyai permasalahan, keinginan langsung untuk meminta pendamping guru BK dalam pengentasan atau penyelesaian masalahnya. Dalam hal ini, guru BK dengan tangan terbuka menerima kedatangan peserta didik dan bersedia membantu peserta didik untuk mendapatkan solusi dalam permasalahannya.
Selain itu ada beberapa peserta didik yang dibantu pemecahan permasalahannya dengan cara dipanggil guru BK. Permasalahan tersebut bisa berupa permasalahan pribadi atau sosial atau akademik. Peran guru BK yakni memberikan pendampingan dan pendekatan personal agar peserta didik terbuka untuk mengungkapkan permasalahannya serta membantu peserta didik untuk membuka diri dalam menyikapi permasalahannya dengan tetap memegang teguh asas-asas pelayanan BK.
Guru BK terbuka atas informasi atau pun rekomendasi yang diberikan orang tua untuk membantu permasalahan peserta didik. Setelah mendapatkan informasi atau rekomendasi dari orang tua peserta didik, guru BK akan segera menindaklanjutinya dengan memanggil peserta didik dan menyediakan waktu khusus untuk menangani permasalahan tersebut. Setelah mendapat pengentasan atau solusi dari permasalahan tersebut, hasil dari wawancara konseling akan dikomunikasikan kepada orang tua peserta didik yang bersangkutan.